Spätestens in der Reinzeichnung sollte erreicht werden, dass nur Layoutelemente in der PDF sind, die auf der selben Ebene liegen. Für das Anlegen einer Datei empfiehlt sich, für jeden Farbauszug eine eigene Ebene anzulegen, auf der dann nur die Layoutelemente gedruckt platziert werden, die auch wirklich in der jeweiligen Farbe reproduziert werden sollen. So kann in der Reinzeichnung kontrolliert werden, dass alle Daten auf den richtigen Ebenen liegen und daraufhin relativ rasch die einzelnen Seiten des Layouts übersichtlich als separate PDF-Abzüge abspeichert werden. Innerhalb von InDesign oder Illustrator sollte im Ebenenmenu bei den jeweiligen Ebenen innerhalb ihrer Ebenenoptionen eingestellt sein, dass die Ebenen jeweils eingeblendet sind und auch drucken, das heißt in der PDF angezeigt werden. PDF-Dateien können darüber hinaus in Adobe Acrobat reduziert und damit optimiert werden. Da dieser Schritt nicht rückgängig gemacht werden kann, wird das Anlegen einer Sicherheitskopie empfohlen: