Neben den Einstellungen Standard / PDF-Kompatibilität ist unter anderem die korrekte Einstellung ob Seiten oder Druckbögen verwendet werden, unabdingbar. Optionen wie schnelle Webansicht, PDF-Tags, Seitenminiaturen einbetten sollten vermieden werden, genau so wie das Einschließen von interaktiven Elementen.

Vorab empfiehlt sich, Daten in einem der PDF/X-Standards zu exportieren, zum Beispiel PDF/X-3:2002. Der PDF/X-Standard verbietet von vorneherein viele Dateiinhalte, die eventuell ungeeignet für eine Reproduktion sind, aus der Datei entfernt. So sind z.B. PDF-Elemente untersagt, die die Arbeit des RIPs und damit die Vorhersagbarkeit des Druckergebnisses negativ beeinflussen.
Zu den Aktionen, die PDF / X bei der Erstellung berücksichtigt sind, zählen unter anderem das Entfernen von Notizen /Kommentaren im druckbaren Bereich, ein definierter Anschnitt und ein efiniertes Endformat, die Kontrolle, dass alle Bilder korrekt eingebunden sind sowie die Deaktivierung der Sicherheitsfunktionen damit die Datei von jedem reproduziert werden kann. Der PDF/X-3 Standard ist zwar schon älter, reicht aber für die risographische Reproduktion vollkommen aus.

Adobe selbst schreiben zu den Kompatibilitätsebenen ihrer Dateien auf ihrer Webseite folgendes: „Wenn kein zwingender Grund besteht, eine abwärts kompatible Datei zu erstellen, empfiehlt sich in der Regel die neueste Version (derzeit 1.7).“ Leider gibt es bei der Risographie unbedingt einen zwingenden Grund, kompatibel sollte eine PDF-Datei immer zu Acrobat 4 (PDF 1.3) sein.
Dies verhindert, genau so wie die Acrobat 5-Kompatiblität, dass PDF-Dateien Ebenen enthalten können. Bei der Acrobat 5-Kompatibilität allerdings werden bereits Live-Transparenzen im Bildmaterial unterstützt, dies sollte dringend verhindert werden, um ungewünschte Ergebnisse im Druck zu vermeiden.

An den üblichen Komprimierungseinstellungen sollte nichts geändert werden, das heißt alle Bilder sollten auf 300, bzw. 1200dpi neu berechnet und mit der JPG-Komprimierung bei maximaler Qualität reduziert werden.

Im Menu „Marken und Anschnitt“ können die meisten Optionen ausgeklickt bleiben, für einen korrekten Schön- und Widerdruck benötigt die Druckdatei Druck- sowie Passermarken. Um die Druckmarken weit genug auseinander zu positionieren und eventuellen Blitzern bei Passerungenauigkeiten vorzubeugen sollte der Versatz von den üblichen 2,117 mm (6 pt in mm) auf mindestens 3 mm erhöht werden, der Anschnitt kann, wenn das Motiv es im Format erlaubt, von 3 auf 5 Millimeter erhöht werden. Sofern darüber hinaus umlaufend um das Motiv genug Platz zur Verfügung steht, können diese auch noch weiter hinausgerücken, allerdings könnte dies möglicherweise der Übersichtlichkeit schaden. Die Stärke derer Passmarken sollte 0,25 pt betragen: 0,125 pt kann im Druck brüchig werden; 0,5 pt ist eventuell zu ungenau, um mit den Passmarken exakt zu rangieren.
Der Farbkontrollstreifen wird beim Erstellen der Farbauszüge nicht unbedingt benötigt. Um Farbe zu sparen, kann dieser getrost ausgeklickt werden.
Das Druckmotiv selbst benötigt unbedingt einen Anschnitt von mindestens 3 Milimetern, da produktionsbedingt auch in der Druckindustrie mit einer Drucktoleranz von 3 Milimetern gearbeitet wird. Da die Ungenauigkeiten beim Risographen je nach Arbeitsweise und vorliegendem Druckermodell stärker ausfallen können, wird unbedingt empfohlen 3 oder sogar 5 mm Beschnitt ins Motiv einzurechnen. Hierzu sollten die Grafiken des Motivs entsprechend bis in diesen Rand eingeladen werden und Hintergrundflächen bis zu diesem Anschnitt vergrößert werden um das bestmögliche Ergebnis zu garantieren um während des Druckvorgangs genug Spielraum bei Passerungenauigkeiten im Duplexdruck zu haben.

Bei der Ausgabe ist dringend wichtig, dass die Dateien nicht in ein Zielprofil konvertiert werden, schon gar nicht in eines, dass kein Graustufenprofil ist. Zwar gibt es ein von basICColor ein sehr gutes Graustufendruckprofil und auch ein bei DuploPress erschienenes Graustufenprofil für z. B. schwarze Farbe, dennoch sollte sich der Anwendende hier sicher sein, welche Konsequenzen die hier getätigten Aktionen haben. Für eine Vielzahl von Anwendern kann es einfacher und vor allem ausreichend sein, die bestehenden Bilder bereits in Photoshop von RGB oder CMYK in Graustufen umzuwandeln und im InDesign-Exportdialog keine weitere Profilierung mehr anzuwenden.

Die Funktion „Schrift teilweise laden, wenn Anteil verwendeter Zeichen kleiner ist als: 100%“ kann dazu beitragen, dass die PDF-Datei so klein wie möglich ist und beim Übertragen der Seiten an den Drucker keine nicht benötigten mit übertragen und der RIP belastet wird.
Dies wird vor allem dann relevant, wenn mit einer gut ausgebauten Schrift gearbeitet wird, die besonders viele Ligaturen und/oder Sonderzeichen beinhaltet, kann die Anzahl der Glyphen die Arbeit an mehrseitigen PDFs mit gegebenenfalls gut aufgelöstem Bildinhalt je nach RIP-Einheit wesentlich verlangsamen.

Transparenzen müssen, bei der Umwandlung von Layout in Postscript bzw. PDF, immer umgewandelt bzw. reduziert werden. Für den Risographen ist es allerdings ratsam, diese Reduzierung im Vorfeld zu machen, bzw. gar nicht erst mit Transparenzen zu arbeiten, um im Bilde darüber zu sein, ob sich durch das Reduzieren der Transparenzen Objekte auf der Seite verändern, lästige Haarlinien vom RIP des Risographen als Seitenelemente interpretiert werden, oder Ähnliches.
Lässt sich die Arbeit mit Transparenzen nicht vermeiden, so sollte die Reduzierung mit einer hohen Auflösung vonstatten gehen. Außerdem sollten abweichende Einstellungen nicht ignoriert werden, diese Einstellung wird also bestenfalls ausgeklickt.