Ähnlich wie beim konventionellen Offsetdruck spielt die Farbreihenfolge bei der Reproduktion am Risographen eine Rolle. Wird mehr als eine Farbe auf einen Bedruckstoff aufgetragen, so wird beim Druck der zweiten Farbe auf den bereits mit einer Farbe bedruckten Papierbogen eine geringere Farbschicht als bei der ersten vom Untergrund angenommen. Das liegt daran, dass es sich nun nicht mehr nur um den Bedruckstoff handelt, sondern zusätzlich um auf dem Papier befindliche die Farbschicht, die zuerst gedruckt wurde. Dies liegt mitunter auch daran, dass die bereits gedruckte Farbe beim Zeitpunkt der Aufnahme der zweiten Farbe durch das Papier die sich auf dem Papier befindliche Farbe noch feucht ist. Diese verhält sich bezüglich des Farbannahmeverhaltens jedoch völlig anders als der Bedruckstoff. Da die Druckfarben lasierend sind und durch die zweitgedruckte Farbe die erste sichtbar ist, wirkt sich ein Vertauschen der Farben im Skalendruck auf den gedruckten Farbton aus. Ähnlich wie bei der ISOM-2000-Empfehlung für die Farbreihenfolge im Vierfarbdruck (Farbreihenfolge K-C-M-Y) sollte beim Risographen, sofern Halbtöne gedruckt werden auch in jedem Fall zuerst die dunkleren, dann helleren Farben gedruckt werden, dies verhindert, dass die helleren Farben auf dem dunklen Untergrund fleckig werden und nicht korrekt ins Papier einsinken können, wohingegen dies in der gegengesetzten Farbreihenfolge (also erst dunkel, dann hell) nicht so stark auffällt. Zwar haben so pigmentärmere Halbtöne in hellen Farben, z.B. Mitteltöne im Gelb, weniger die Möglichkeit, ins Papier einzusinken – dennoch entsteht so ein ruhigeres Druckbild. Allerdings sollte beim Anwenden der Reihenfolge (Dunkel-Hell) folgendes beachten: Gerade wenn sehr dunkle Farben (z.B. schwarz und zusätzlich blau) im ersten Druckgang gedruckt werden und diese auch noch einen hohen Farbauftrag aufweisen, so kann es passieren, dass der Risograph beim Einzug der Bögen durch das Gummirad des Papiereinzugs lästige Streifen macht. Um dies zu vermeiden, sollte in Betracht gezogen werden, ob für den Druckablauf nicht eventuell doch ein Umkehren der Farbreihenfolge (also zunächst hell, dann dunkel) vorteilhaft sein könnte.
Denn: Je nach Farbauftrag kann das Gummirad, sofern dunkle Farben zuerst gedruckt worden sind, diese Farbschicht verreiben und somit die Bögen beschmutzen. Wenn mit drei oder mehr dunklen Farben gedruckt wird, bzw. die hellste Farbe bereits einer dunkleren Farbe der Skala (z.B. Lila oder Türkisgrün) so sollte unbedingt eine Trockenzeit gewählt werden, die nicht zu kurz ist, um zum Einen die Farbreihenfolge, zum anderen aber auch die Sauberkeit der Bögen zu garantieren.